. En 1789, Jacques FOLLY est toujours le recteur de Guissény, mais comme il refuse de prêter le serment de fidélité à la Constitution, il devient un prêtre insermenté, ou prêtre réfractaire.

. Il quitte la paroisse de Guissény en 1792. Il est arrêté et incarcéré à Kerlot en Quimper. Il décède le 27 février 1793 à l’Hôtel-Dieu de Quimper.

. Les deux vicaires refusent aussi le serment mais restent clandestinement dans la paroisse : Christophe RIOU, né à Loc Brévalaire en 1754 et ordonné prêtre en 1783, et Yves Premel-Cabic, né à Plounéour-Trez en 1760 et ordonné prêtre en 1788, appelé généralement Yves Premel.

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Les élections de prêtres constitutionnels (ayant donc prêté le serment)

. Les autorités révolutionnaires veulent élire des prêtres constitutionnels pour remplacer les prêtres réfractaires. Le 3 avril 1791, les électeurs du district de Lesneven sont convoqués en l’église paroissiale Saint-Michel pour élire les 15 recteurs des paroisses du district. Il n’y a que 3 ou 4 candidats et on ne peut en trouver un ni pour Guissény, ni pour Saint-Frégant, si bien que les prêtres insermentés sont autorisés à poursuivre leurs fonctions.

. Le 28 mai 1792, une nouvelle élection est organisée à Lesneven et, pour le 29 au soir, toutes les paroisses sont pourvues d’un recteur élu généralement avec peu de voix. Pour Guissény, sur 21 votants, on décompte 11 bulletins blancs plus 3 nuls, puis 2 voix pour les prêtres réfractaires et seulement 5 bulletins valables dont 3 pour le prêtre élu, Jacques FAGON. Originaire de Lambézellec, il avait été ordonné prêtre le 22 mars 1792 par l’évêque constitutionnel de Quimper, Louis-Alexandre Expilly (élu évêque de Quimper dans la nuit du 31 octobre au 1er novembre 1790).

. Mais les deux prêtres réfractaires, Christophe Riou et Yves Premel, cachés, gardent leur influence dans la paroisse, soutenus par la population et par la municipalité.

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. Dès le 16 juillet 1792, Jacques Fagon est remplacé par Yves JACQ qui n’arrive à Guissény qu’en novembre après avoir prêté serment à Lambézellec le 21 octobre. Le conseil municipal et le maire François GAC sont changés par les autorités départementales à la fin de l’année 1793 mais le curé constitutionnel n’est toujours pas bien accepté dans la paroisse. Le 14 mai 1794, le sieur Poulmarc’h, secrétaire greffier de la municipalité, est mis en état d’arrestation par le conseil général du département : il est accusé de « fanatiser » la commune et de dresser la population contre le curé constitutionnel.

. Au printemps 1795, Ursin Le Gall, curé constitutionnel de Plounéour-Trez écrit dans une lettre : « Les curés assermentés de Guissény, Saint-Frégant et Plouider se sont vus exclure des temples où ils exerçaient paisiblement leur culte… ». Les prêtres réfractaires, selon la loi du 11 prairial (30 mai 1795) « ont déclaré abandonner l’église en disant qu’il ne leur était pas défendu d’exercer leur culte dans les maison particulières ». Deux Guisséniens, en vertu de la Loi, demandent "à avoir un édifice propre pour le libre exercice de leur culte", la demande est signée par 20 Guisséniens. Ils demandent que leur soit accordé provisoirement « l’occupation d’un édifice national, cy-devant église de Guissény ». Ils assumeront la responsabilité des clefs. Le curé constitutionnel est donc obligé de demander qu’on lui fixe des heures pour pratiquer son culte dans l’église.

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. les deux prêtres insermentés font alors leur réapparition officielle : le premier juillet 1795, An III de la République, ils déclarent qu’ils n’ont point été réfractaires à la loi…« Ils n’ont point fait le serment, mais ils ont abandonné leurs bénéfices, ils ont donc obéi et ne sont point réfractaires…Dire que le culte catholique romain ne peut s’exercer dans les Républiques comme dans les Monarchies, c’est calomnier ce culte et ses ministres ». Le texte est signé Yves Premel, curé de Guissény, et Christophe Riou.

. Le 25 juillet, Yves Le Jacq doit fuir devant un attroupement de femmes qui le poursuivent de leurs injures et de leurs menaces. Les Guisséniens sont coupés en deux clans, entre les partisans du curé constitutionnel et ceux des prêtres réfractaires, les deux clans se disputant l’utilisation de l’église paroissiale. Le conseil municipal condamne par défaut les femmes à 24 heures de détention : tout semble avoir été fait pour retarder la procédure et la condamnation est légère. Yves Le Jacq n’a plus qu’à se retirer, ce qu’il fait dès la fin de 1795 ou le début de 1796, en devenant vicaire à Lambézellec.

. Yves Premel a dû être reconnu comme Curé de Guissény après le décès de l’ancien recteur Jacques Folly en janvier 1793 et il exerça son ministère en marge du curé constitutionnel. En 1795, Yves Premel et Christophe Riou ont commencé à remplir les registres paroissiaux pour officialiser des cérémonies qu’ils ont réalisées dans la clandestinité depuis 1793 et qui n’avaient été inscrites que sur des brouillons. Mais il faut attendre le 13 octobre 1798 pour que les Guisséniens retrouvent officiellement l’usage de leur église.

. Le problème du clergé français est réglé par Bonaparte en juillet 1801 avec la signature du Concordat avec le pape. A cette date, c’est Christophe Riou qui est installé recteur de Guissény avec Yves Premel comme vicaire.